Η θεραπεία με Συμβατικά Φάρμακα πολλές φορές έχει παρενέργειες.Η κλινικά προσανατολισμένη Ομοιοπαθητική μπορεί να αντιδοτήσει πολλές από τις παρενέργειες των Συμβατικών Φαρμάκων.Αυτή η δυνατότητα αποκτά ιδιαίτερη σημασία όταν οι παρενέργειες αυτές είναι σημαντικές και απειλούνται ζωτικές λειτουργίες οργάνων του σώματος,ενώ η χορήγηση τους κρίνεται απαραίτητη από τον αρμόδιο Ειδικό Ιατρό,όπως συμβαίνει αρκετές φορές  σε μακροχρόνιες χημειοθεραπείες με κυτταροστατικά ,αλλα και σε  θεραπείες με κορτιζονη, στατίνες, αντιφλεγμονώδη, φάρμακα για την οστεοπόρωση,κ.α.Σε αυτές τις συχνές περιπτώσεις ο ασθενής μπορεί να βοηθηθεί με την κατάλληλη ομοιοπαθητική αγωγή ώστε να μπορει να ακολουθήσει την θεραπεία που συνιστά ο Ειδικός Ιατρός χωρις να επιβαρύνεται από ουσιώδεις παρενέργειες.